La Dirección General Certificación se crea como unidad administrativa dependiente del Secretario del Consejo de Salubridad General en el año 2019 con base a los cambios estructurales que se están implementando con el objetivo de operar el Sistema Nacional de Certificación de Establecimientos de Atención Médica (SiNaCEAM) a través de la Comisión para la Certificación de Establecimientos de Atención Médica (CCEAM).
La CCEAM es el órgano colegiado de dirección y rectoría del SiNaCEAM y tiene a su cargo la aprobación de estrategias, políticas, normas, plan anual de trabajo, así como la supervisión del control general de sus resultados.